W okresie republiki naczelnym wodzem armii był z reguły konsul. Armia dowodzona przez jednego konsula wynosiła co najmniej 2 legiony. W chwilach szczególnie dla państwa ciężkich konsul mógł otrzymać władzę dyktatorską na sześć miesięcy, z prawem powołania zastępcy, noszącego tytuł dowódcy jazdy (magister equitum).
Wówczas to, tylko i wyłącznie, w jego rękach skupione były wszystkie wojska Rzymu.
Naczelny dowódca spośród innych oficerów wyróżniał się strojem. Miał czerwony płaszcz (paludamentum). Towarzyszyli mu liktorowie z pękiem rózg z toporami, a także straż przyboczna (cohors pretoria).
Do swojej pomocy miał legatów (legati), 6 trybunów wojskowych (tribuni militi) oraz prefektów wojskowych, którzy razem tworzyli sztab wojskowy. Wódz legatów wybierał osobiście spośród najznakomitszych senatorów. Każdy z nich sprawował dowództwo nad jednym legionem, jednakże w wyjątkowych sytuacjach, takich jak śmierć lub choroba dowódcy, obejmowali dowództwo w zastępstwie naczelnego wodza. Wtedy dowodzili całą armią (legati pro praetore).
Trybuni wojskowi z kolei byli częściowo wybierani na zgromadzeniu trybusowym, oraz tak jak legaci przez dowódcę, z tą jednak różnicą, że mianował ich spośród wybitnych centurionów. Trybuni dowództwo sprawowali parami na przemian, co drugi dzień dowództwo nad legionem sprawowała jedna para, podczas gdy pozostali służyli przy naczelnym wodzu.
Prefekci wojskowi stali na czele specjalnych oddziałów, pierwotnie sprzymierzeńców italskich (praefectus sociorum), a później oddziałów pomocniczych, dostarczanych przez kraje pozostające w sojuszu (praefectus auxiliorum). Mogli również sprawować funkcje: praefectus fabrum (kierowanie rzemieślnikami) albo praefectus alarum (kierowanie jazdą).
Wspomniani centurioni tworzyli korpus podoficerski. Na czele każdej centurii, stało dwóch centurionów, jeden z nich kierował prawą centurią, a drugi lewą. Centurion prawej centurii manipułu dowodził całym manipułem, natomiast centurion pierwszego manipułu w kohorcie, dowodził całą kohortą. Centurionów wyróżniał pancerz łuskowy, poprzeczna kita na hełmie (crista transversa) i rózga (virga), którą wymierzał chłostę. Odpowiednikiem centuriona w oddziałach jazdy był dekurion.
Centurionom podporządkowani byli niżsi podoficerowie (principes), a także zastępcy centuriona (optiones), chorążowie (signifieri), trębacze (tubicines) i żołnierze o dłuższym stażu (veterani). Oficerowie i podoficerowie różnili się zarówno uzbrojeniem, strojem, jak i oznakami.
Wszyscy oficerowie mogli pochodzić jedynie z rodów arystokratycznych, natomiast centurionem mógł zostać każdy żołnierz, który odznaczył się męstwem w boju. W jednym legionie było 59 centurionów, z czego najważniejszym był dowódca pierwszej centurii (primipilus).
Sprawami skarbowymi zajmował się kwestor, do którego zadań należało: rodzielenie łupów, wypłata żołdu, dbanie o odpowiednie zaopatrzenie wojska w żywność.